國民革命軍佔領武漢之後，就戰略形勢而言，應該趁第七、八、四三軍勝利餘威，配合其他各軍，繼續大舉北上，進取河南，與已接受俄援的馮玉祥部夾攻直、奉軍閥，以定中原。
蔣介石的俄國軍事顧問加倫就是傾向這種戰略，但是蔣本人早已決定回兵江西。因為他雖是總司令，然而除了直屬於他的第一軍，其他各軍軍長都是在他名義下的諸侯，他雅不願讓李宗仁、唐生智等諸侯功成名就。他於李、唐等軍逼近武昌時，就在日記中寫道：“餘決離鄂向贛，不再為馮婦矣。”(《蔣介石日記類抄·軍務》)對於唐生智的“盛氣”，尤感“奇辱”。此外，他回兵江西顯然着眼於長江下游的江浙一帶——他的發源地。他後來在南京重建自己的政權，絕非偶然。
江西與江蘇、浙江、安徽、福建五省，原屬五省聯軍總司令孫傳芳統轄範圍，猶同聯省自治，以“保境安民”為口號，顯示此五省百姓不願被捲入戰禍。所以早在一九二五年底，孫即派人赴粵修好，希望互不侵犯。蔣介石則要孫“順應革命潮流”，然後可以承認孫為五省總司令。此時北伐軍針對吳佩孚，自無與孫啓釁之理，實欲各個擊破。當一九二六年六月，北伐軍已經入湘，孫仍然拒絕吳佩孚的請援，堅持中立，五省紳商更呼號和平。即使北伐軍進入江西省境，孫仍派代表項子和至粵，“稱不願作戰，表示誠意”，譚延闓致蔣總司令函提及，“弟等告以我軍從來無敵孫之意，取江西系戰略需要，非佔地盤，得贛可不再進。”(中國第二歷史檔案館原件，印本見楊天石《尋求歷史的謎底》，頁四八一)既取之，又説“非佔地盤”，誰曰可信？“得贛可不再進”，更不可信，孫傳芳自然要出師援贛。事實上，漢口未下時，蔣介石就想提前進取南昌而未果；漢口戰局既定，更迫不及待親自入贛指揮作戰。他於九月十九日初抵江西萍鄉時，即聞程潛率師與城內工人學生裏應，一舉攻下南昌，大喜過望，跑到萍鄉歡迎會上，用濃重的寧波口音發表演説，卻不自知犯了“孤軍深入”的兵家大忌，不到數日，就被孫傳芳的鄧如琢部趕出南昌城。最糟糕的是蔣總司令直屬的第一軍王柏齡所率第一師全師覆沒。王伯齡不是別人，乃蔣之親信，黃埔軍校一開辦即任教授部主任，管理訓育，此時為第一軍代軍長，率師入贛，竟大敗虧輸，僅以身免。王柏齡所部大都是黃埔學生。李宗仁曾説：“黃埔軍校每期訓練時間不過數月，實際上只是一些軍士教育，距軍官教育相差尚遠，然全軍受革命風氣的薰陶，頗有朝氣，尚可作戰。”(《李宗仁回憶錄》，頁二一七)然而從江西戰場上看來，連這點朝氣都沒有了，而且漸趨腐化，自然會不堪一擊。
蔣介石於九月二十日南昌潰敗後，至高安親自指揮，企圖反攻。此時李宗仁開赴九江的第七軍改道南下，擊潰孫軍謝鴻勳部，為北伐軍入贛後的首次大勝，隨即於十月三日攻佔南潯鐵路重鎮德安。同時朱培德的第三軍佔領南昌附近的萬壽宮一帶。於是蔣介石更急欲以嫡系第一軍，會同第二軍與第三軍，反攻南昌，並親自督師清江。十月十日第四軍攻克武昌，士氣大振，蔣介石更親至南昌城外，不聽參謀長白崇禧的勸告，急圖強攻，不顧敵軍深構高壘之堅以及己軍背臨贛江之危，顯然是求勝心切，無奈敵方敢死隊趁月黑風高，從城下水閘破關而出，令想攻城的第一軍第二師第六團首當其衝，秩序大亂。蔣介石几次握住參謀長白崇禧的手問怎麼辦，幸而小諸葛事先已在贛江上游搭了浮橋，殘軍始得撤至西岸。
蔣介石親自指揮攻打南昌，又遭此大敗，自謂“終夜奔走，未遑寧息”(蔣氏一九二六年十月十一日日記)，於十三日撤退時更於日記中寫道：“因餘之疏忽魯莽，致茲失敗，罪莫大焉，當自殺以謝黨國，且觀後效如何!”一九二二年蔣介石著《孫大總統廣州蒙難記》，説孫中山一開始是準備“一死殉國，以謝國民”的，可是緊要關頭，他的同志“乃以數人臂力，強挽總統出府”，要他逃亡，不要他殉國。此次在南昌城下大敗，他自己也想殉國，當然也會有人阻止他。他最後一次想殉國是一九四八年，徐蚌戰役失敗之後，自謂一開始是準備“以身殉國”、“上報總理，下對國民”的，可是緊要關頭，他的同志“一定要我去職下野”。結果呢，蔣介石雖然“決定以身殉職，死在南京，以盡我個人的責任”，但是他畢竟沒死在南京，“自感‘今後我無死所了’!”(一九五O年蔣介石《軍人魂》講詞)表面上看來，國民黨總有那種不爭氣同志，在緊要關頭，總是剝奪了他們偉大領袖萬古流芳的機會、總是不讓他們偉大領袖去做文天祥。結果呢，他們偉大領袖一個個都“壽終正寢”而死，而不是“一死殉國”、“以身殉國”而死，落得只能“言教”而不能“身教”。其實骨子裏，偉大領袖根本在演戲，將“殉國”形之於筆墨、託之於言辭，就是要人剝奪他殉國的機會。真要死，誰能阻擋得了呢？這個把戲是從曾國藩那裏學來的。湘軍被太平軍打敗後，曾國藩就在眾目睽睽之下要投水自殺，哪裏死得了呢？其目的除自塑文天祥的虛假形象外，無非想借此激勵士氣耳。
蔣介石在南昌城下假殉國外，還有一則陣亡的假消息。孫傳芳在九江的聯軍總部參謀處，根據傳聞便於十月十五日發出通電：
據俘虜及百姓均稱：蔣中正在南昌附近受傷甚重，聞系子彈中其腹部，因而致亡。俄人鮑羅廷、加倫等亦受傷，均抱頭鼠竄而去云云。(《晨報》一九二六年十月七日載《孫軍總部捷報》)
其實，蔣介石麾下將士雖死傷慘重，其本人卻毫髮無損，只是受到驚嚇，顏面上更不好看，被第八軍軍長唐生智瞧不起。俄國軍事顧問塔羅夫(Tairov)於一九二六年十月三十日寫給鮑羅廷的密報中有這樣一段話：
據我所知，唐生智自與蔣介石在長沙見過面之後，即藐視蔣在軍事與政治上的重要性。當蔣目擊兩個師被擊潰後，確實顯得不知所措，張皇失措。（WilburandHow，MissionariesofRevolution文件六九，頁七七三，另參閲頁三二四)
唐生智雖沒有低估蔣介石的軍事能力，但顯然小看了他的政治手腕。俄國顧問證實唐確有取總司令一職的野心，但認為唐之“革命性”不夠，尚不能稱為一革命將軍，哪知蔣之“革命”乃虛有其表，一旦反革命起來，俄國顧問只好吃不完兜着走了。蔣介石尚未被揭穿的“假革命”，無疑是俄國人至此仍然支持他的主要原因。
由於江西戰場失敗的後果，可以威湘粵甚至會導致整個北伐的垮台，所以各方注目。俄國軍事顧問加倫親往武漢求援，中共也調動組織，集中力量拆孫傳芳的後台。終於張發奎率第四軍十二師自武昌東下，李宗仁則率其第七軍自贛北南下，連戰皆捷。蔣介石雖於十月十五日製訂了“肅清江西計劃”，但肅清的兵力還要靠諸侯，左路由李宗仁與張發奎協同作戰，右路由朱培德的第三軍負責，中路則由程潛指揮，而蔣介石嫡系的第一軍一、二師僅為預備隊。俄國軍事顧問還調派飛機來助戰。
這次反攻顯與蔣介石的硬攻戰術有異，不急於奪取南昌，而把主力用於殲滅敵軍主力，並切斷九江至南昌的南潯鐵路，以絕後援。十一月一日拂曉發動總攻擊，次日左路李、張軍擊敗贛北孫軍，於三日佔領德安。中路程潛部肅清南昌西面敵軍，右路朱軍兵臨南昌外圍。十一月四日，孫傳芳遣師自樂化來援，朱軍左翼陣地動搖，蔣介石急命增援，但加倫將軍認無必要，鎮定自若，使他“甚慚自信力薄弱”。(見《蔣介石日記類抄·軍務》一九二六年十一月五日)阿基莫娃在《中國大革命見聞》一書中，對蔣介石當時的失態有生動的描述：
蔣介石焦躁不安，知道對他來説成敗在此一舉，一旦失利，他的整個前程就將成為泡影。蔣介石三番五次地當着總軍事顧問的面，真正地大發歇斯底里，搓手、哭泣，喊着“一切都完了”，説要開槍自殺。布留赫爾(Blucher，即加倫將軍)每次都是好不容易才讓這位神經脆弱的總司令平靜下來。(頁二○四至二○五)
在加倫將軍的鎮定下，陣地不但未亂而且穩定下來。十一月五日賀耀祖率部攻克九江，孫傳芳知敗局已定，返回南京。八日進攻南昌孤城，孫軍尋即投降，退出城外。九日蔣介石進駐南昌。江西戰役獲得全勝，雖多賴第七軍與第四軍的驍勇善戰，然而總司令的威信不僅得以挽救，而且加重了他的政治籌碼。
江西初勝，蔣介石才命駐守汕頭由何應欽指揮的第一軍進兵福建，孫傳芳的主力既在江西被殲，閩浙實甚空虛，但第一軍行軍仍然遲滯，至一九二六年年底不戰而入福州。至此國民革命北伐軍已佔有粵、桂、湘、鄂、贛、黔、閩七省，革命根據地亦由珠江之濱，延伸到長江流域，頗似當年太平軍北伐的聲勢。然而不免也像太平天國一樣，擁有半壁江山以後，發生劇烈的內鬥，而導致國民革命陣營內鬥的主角便是蔣介石!
蔣介石借中山艦事件搞政變，削弱了國民黨左派的權力，但第三國際方面當時不願相信蔣之反共反蘇，只認為是人事糾紛，依然把他視為“革命將軍”，並予以支持。不過包括中共在內的國民黨左派，對蔣已有戒心，彭澤民早於一九二六年五月二十五在中常會上議請汪精衞同志早日銷假視事(見《中國國民黨第一、二次全國代表大會會議史料》上冊，頁五四九)，各省黨部紛紛響應，于右任等更電請中央催促，以主持北伐大計。(見同書，頁五七五一六○○)七月七日蔣就總司令職，左派迎汪更切，顯然欲以汪制蔣。蔣表面上歡迎汪回國主持黨務，但私底下認為“迎汪”的目的就是“倒蔣”，並在日記中寫道：“從中必有人操縱，絕非大多數之真意，自吾有生以來，鬱結愁悶，未有甚於今日也。”(《蔣介石日記類抄·軍務》一九二六年八月二十五日)並怪罪共黨從中搗亂，恨得“切齒”。(見同書一九二六年八月三十日)蔣在內心中不容汪，絕無可疑。蔣雖於十月三日發出迎汪電報，實因俄國軍事顧問加倫相勸以及形勢所逼所致，並非心甘情願。以蔣而言，權力鬥爭正來日方長。
國民黨中央又於一九二六年九月，決定召開中央及各省區聯席會議，開會六次，意在統一黨的領導權，選出十三人政治委員會，涵括左、中、右三派，藉此罷免蔣介石的中央常務委員會主席以及張靜江的代理國府主席，但遭張全力抵制，卒以前方戰事緊張要挾鮑羅廷而未果。然而山雨欲來之勢，已在眉睫。
廣州既又成左派重鎮，蔣介石乃提出“中央黨部移鄂”之議，且於十月二十二日馳電張靜江、譚延，力陳“武昌既克，局勢大變，本黨應速謀發展”。(《民國十五年以前之蔣介石先生》第十八冊，頁一O五)最後國民黨中央於十一月二十六日決議遷都漢口，主要還是由於張作霖與日本起衝突，遷都已無奉張之慮。中央委員與國府委員遂分批北上。十二月二日，宋慶齡、徐謙、陳友仁、吳玉章、鮑羅廷等一行十餘人，途經南昌，蔣介石設宴款待，報告北伐情況，對革命前途充滿信心。並於六日晚開始做廬山會談，討論政治、外交、財政、軍事各問題。蔣於取消主席制以及迎汪回國，均表附議，更積極主張遷鄂，且謂待軍事稍定，即赴武漢。(見蔣介石復武漢各界團體電，載《廣州民國日報》一九二六年十二月二十日)但是當鮑羅廷等一行抵達武昌後，有鑑於廣州之黨部與政府既已停止辦公，遂於十二月十三日決定先組織臨時聯席會議，以徐謙為主席，暫時執行最高職權。蔣於事後始知，雖於十二月二十日覆電贊成，但心中已大為不快。他原以為可以赴鄂出掌大權，孰知鮑羅廷與那批中央委員並未對自己如此重視，甚至連聯席會都插不上腳，乃蓄意有所行動。
當中常委代主席張靜江與國府代主席譚延闓等一行北上，於十二月三十一日途經南昌，被蔣介石留下，並於一九二七年一月三日召開中央政治會議第六次臨時會議，會後通告中央黨部和國民政府暫駐南昌，以利政治與軍事的配合。同時決議將於三月一日在南昌召開二屆三中全會，再定遷移問題，又擬成立政治會議武漢分會等。至此蔣介石已公然以南昌的中央政治會議向武漢的臨時聯席會議挑戰，以爭奪“執行最高職權”。武漢方面此時正因佔領英租界進行外交交涉，恐影響大局，乃由宋慶齡等致電蔣介石，告以武漢情勢，囑蔣“苟非有軍事之急變，不宜變更(遷都)決議，坐失時機”(《中華民國史檔案資料彙編》第四輯，頁三七五)，並電請南昌同志蒞鄂。
蔣介石不得已於一月十二日偕加倫將軍、彭澤民、顧孟餘、何香凝等抵達武漢，受到盛大歡迎，催促遷鄂，然而蔣仍執意遷贛。鮑羅廷刻意諷勸，蔣竟視為侮辱，已存決裂之心，未遑多留，即於一月十八日返回南昌。二三天之後，即與張靜江、譚延闓聯名，以中央名義命令取消聯席會議，立即成立政治會議武漢分會，已成公開對抗之局。鄂方發動輿論壓力，但更主要的是宋子文控制軍費，誠如蔣之軍需處長徐桴於一月三十一日電文中所説：“我軍命脈，操在宋手，請總座迅電慰勉之，先救目前之急，再圖良法，萬不可操之過急，致生重大影響。”所以當宋於二月四日親赴南昌斡旋，不到幾天南昌方面就決定中央黨部與國民政府遷至武昌，至於中央全會則俟東南底定後再開。鄂贛雖未真正分裂，然不過是推遲了決裂的時日，終不免後來的寧漢分裂。
宋子文“説服”蔣介石之後，於二月九日自贛電鄂，謂譚延闓等數日內可蒞鄂，但遲遲未見駕臨。此時更要求撤銷鮑羅廷的顧問職務，鄂方終於領教了“瑞元無賴”的專制與跋扈，遂由徐謙等五人組成行動委員會，擬“從事黨權集中”，即想把槍桿子控制在黨權之下，形成一種恢復黨權運動。此一運動針對蔣不言可喻，如孫科所説：“蔣介石這樣把持着黨，終有一天要做皇帝了。”(陳公博《苦笑錄》，頁七十三)但是恢復黨權運動雖轟轟烈烈，如二月二十四日武漢有一萬五千人集會，卻一直沒有公開指名抨擊蔣介石，一方面有所顧忌，另一方面則是盼望“浪子回頭”!雖如此，蔣介石在南昌已公然反唇相譏，聲言：“我只知道我是革命的，倘使有人要妨礙我的革命，那我就要革他的命。“(蔣之演講載上海《民國日報》一九二七年四月十六日)他已把革命作為權力的代名詞了。但是此時他的財政問題尚未解決，只能動口，還不敢動手，表面上仍表擁護武漢中央，呼籲團結，只要求國民黨二屆三中全會延至三月七日召開，當然獲得中央的同意。
然而當南昌方面譚延闓、李烈鈞、何香凝、丁惟汾、陳果夫於三月七日前到達武漢開會，蔣介石卻未來，藉故與朱培德去閲兵，須至三月十二日才能來開會，並揚言他們如能等我，“就相信他們有誠意，假使提前舉行，其虛偽可知。”(《陳果夫的一生》，頁一O七)他把準時舉行竟説成提前舉行，何況三月七日原是他要求的日子。他的蠻橫，原想測驗一下自己一身舉足輕重的分量，但到會人數既足，自無再延的必要，還有不少人討厭蔣之獨裁作風，更不願為他延期，與會的吳玉章明言：“革命是共同工作的革命，不能由一二人的意思來指揮，不可使蔣同志因此而生錯誤，若一展再展，誠屬非計。”(《中國國民黨第一、二次全國代表大會會議史料》下冊)話雖如此，會中當然有幫蔣説話之人，造成緊張氣氛，遂以三月七日為預備會。二屆三中全會到三月十日正式開幕，十七日結束，仍不見蔣介石出席。全會肯定臨時聯席會議，決議恢復並提高黨權、堅持革命路線與政策、否定非法選舉、改選中央常務委員以及各部會委員。蔣介石仍被選為常務委員、軍委主席團委員、國民政府委員，但絕非他所期望的獨霸地位。新的國民政府雖於三月二十日在武昌宣誓成立，似乎是功德圓滿，但蔣介石已恨之入骨，必欲去之而後快。
李宗仁已注意到，蔣介石在南昌建立總司令部之後，新客極多，最矚目的有黃郛、張羣。(見《李宗仁回憶錄》，頁二八四)這些新客原與革命無關，之所以成為總司令座上的新客，並以張羣為其駐滬代表，乃是私人關係。黃郛字膺白，浙江人，迭任北洋政府要職，且曾一度出任內閣總理，在革命黨講來，應是北洋官僚、軍閥走狗，但與蔣不僅是同鄉而且拜過把子，照樣引為親信，“設宴款待，歡然道故。”(沈雲龍《黃膺白先生年譜長編》上冊，頁二六七)張羣則與蔣有同學關係，雖與北伐無涉，即被任命為南昌總司令部的總參議。上海商會主席虞洽卿以及幫派頭目黃金榮亦到南昌，表示支持。(見Wildur,TheNationalistRevolutioninChina，P．84—85)陳布雷亦於此時到南昌見蔣，成為蔣之文膽。其實於北伐之前，蔣已在廣州接待過商界要角王曉籟等人。凡此已見蔣正大肆建立私人的班子。同時還到上海、奉化召引親戚或同鄉，供侍衞、參謀、秘書等職，有如皇帝身邊的太監羣。黃埔學生此時亦競相奔走校長之門，蔣也不客氣把他們當自己的鷹犬差遣，當然學生中的CP(共黨)分子，他是絕對當敵人看待的。(參閲蘇文欽《我在蔣介石身邊的點滴回憶》頁二三九至二四○)幫蔣介石監印的姜輔成，更指出北伐軍總司令部的編制非常龐大。(姜輔成《我為蔣介石監印的歲月》)蔣介石到南昌後，已決心組織自己的權力中心，誠如孫科所説，“自設總司令以來，黨國大政無不總攬於一人，黨與政府等於虛設”，指蔣在南昌所為，“開個人獨裁之漸，啓武人專橫之端。”(見《中國國民黨第二屆中央執行委員會第三次全體會議宣言及決議案》)蔣介石想要把黨政軍一手抓的圖謀，已昭然若揭。有趣的是，早在一九二五年十二月二十四日，蔣於日記中自謂：“餘邇來行動，已近於軍閥，尚能負革命之責耶？懲之。”(《民國十五年以前之蔣介石先生》第十三冊，頁四十二頁)他顯然沒有“懲之”，兵至南昌，別開新府，抗命中央，已經實同軍閥矣。