满清看出了明朝的虚实，知道高经略无用，袁崇焕无人支持，于天启六年正月大举渡辽河攻宁远，兵十三万（在这几年中，清军的实力已扩充了一倍），号称二十万。二十三日攻抵宁远。大敌终于攻来了。朝廷荒唐，主帅荒谬，援军是一定不会有的。那怎么办？
弃城而退是服从主帅命令；守城罢，宁远一城孤军，怎能挡满清的倾国之师？在这紧急关头，袁崇焕奋发了英雄之气，决意抗敌。他和大将满桂、副将左辅、朱梅，参将祖大寿、何可纲等，集将士誓死守城。袁崇焕刺出自己鲜血，写成文告，让将士传阅，更向士卒下拜，激以忠义。全军上下在他的激励下人人热血沸腾，决心死战。
他又下令前屯守将赵率教、山海关守将杨麒，凡是宁远有兵将逃回来，一概抓住斩首。山海关有他的上司辽东经略高第镇守，袁崇焕的职权本来只能管到宁远和前屯，山海关总兵杨麒他是管不着的。但这时还管他甚么上司不上司，职权不职权，“×他妈，顶硬上，几大就几大！”
（淞沪之战时，十九路军广东兵守上海，抗御日军侵略，当时“×他妈，顶硬上”的广东三字经，在江南一带赢得了人民的热烈崇敬。因为大家都说：广东兵一骂“×他妈！”就挺枪冲锋，向日军杀去了。）
他母亲和妻子这时也在辽西，大概住在山海关或前屯卫后方。他将母亲和妻子都搬到宁远城中来祝全家和宁远共存亡的决心，表现得再清楚也没有了。
二十四日，清兵到达城下。袁崇焕初次见到“辫子兵”的威猛。清兵都有辫子，在那时，汉人只要听到“辫子兵”三字，不由自主的就胆战心惊，直到十余年后仍是如此。李自成部下都是身经百战的悍将健卒，席卷而东，攻破北京，在山海关前的一片石和吴三桂部大战时，丝毫不落下风。但清兵突然出现，李自成军中响起“辫子兵来了！辫子兵来了！”的惊呼，二十万大军就此全军大溃，一败涂地。李自成逃出北京，向西急窜，“大顺”朝终于覆灭。在那时候，“辫子兵”就是“无敌雄师”的代名词。袁崇焕并不是比李自成更会打仗，他部下的兵将也并不更为勇猛。但他更加镇定，更加坚决，他没有个人的自私欲望，不像李自成那样想做皇帝。真所谓“无欲则刚”，所以他比李自成更刚强。他是“×他妈，顶硬上”的英雄。
但他部下的兵将不是广东人，主要是辽河两岸的关外健儿，其他各省的都有。只因为主帅有“顶硬上”的英锐之气，部属也都跟着他“顶硬上”了。
这时宁远守兵约一万，而清兵有十三万。向来明清交战，总是明兵多而清兵少，这次却众寡易势，大军都在经略高第手中。高第全军据守山海关，果然并不派兵来救。努尔哈赤先分遣部队绕过宁远，在城南五里处切断了通向山海关的大路，然后放几名俘虏来的汉人去宁远向袁崇焕传话：“我这次带了二十万大军来攻，宁远非破不可。守城官如投降，我一定大加优待，封为大官。”袁崇焕回答说：“你突然领兵来攻，那是甚么道理？锦州与宁远两城，你本来已经占领，又再放弃。我修筑好了来住，自然要死守，怎肯投降？你说有二十万兵，未免夸大。你真正的兵力大约是十三万，我倒也不以为来兵太少了。”
努尔哈赤于是大举攻城。
当时朝鲜使者带同翻译官韩瑗去北京朝见皇帝，刚到达宁远。袁崇焕很高兴的招待使节及其随从。朝鲜使节见守军甚是镇定，暗暗感到奇怪。袁崇焕和三数幕僚闲谈，及报清兵攻到，袁崇焕乘轿至战楼，又与韩瑗等谈古论今，泰然自若，全无忧色。过了不久，忽听得一声大炮，声动天地。韩瑗大惊，只吓得低下了头抬不起来。袁崇焕笑道：“贼兵来了！”打开城头敌楼的窗子，向外望去，只见清兵蔽野而来。城中却声息全无。成千成万的辫子兵冲到了城边，突然之间，城头举起千千万万火把，矢石如雨般投下城去。战事越来越激烈，明军忽然从城头的每一个石堞间推出一个又长又大的木柜，这些大木柜一半在堞内，一半探出城外，大柜中伏有甲士，俯身射箭投石，投完了便将大本柜拉进来，再装矢石出去投掷。跟着地雷爆发，土石飞扬，无数清兵和马匹被震上半空。攻城清兵的先锋部队是铁甲军，每人身上都披两层铁甲，称为“铁头子”。清兵以坚车攻城，车顶以生牛皮蒙住，矢石不能伤。城内架起西洋大炮十一门，在城头轮流轰击，每一炮打出去，破坏杀伤及于数里。
清兵奋勇迫近，推了铁裹车猛撞城墙，声音轰隆轰隆，势道惊人，撞击了很久，城墙撞破的地方很多。清兵再用像云梯那样的裹铁高车来撞击城墙高处。随后又把裹铁车推到城墙边，上面用木板遮住，以挡城头投下的矢石，车里藏了兵士，用铁锹挖掘城墙墙脚。
清兵攻进了城墙下的死角，大炮已打他们不到。在这危急之时，守军想到了计策，抬了屋子前的长条大阶沿石从城上投下去。阶石十分沉重，铁车上的木板挡不住，压死了不少清兵。
攻城时候经历很久，城基被清兵挖成了一个个凹龛，清兵躲在城墙洞内向里挖掘，城上再投大石下去，就打不到了。这时宁远四周十余里的城墙墙脚已被挖得千孔百疮，眼看城破在即，满城百姓惊惶得很，都抱怨说：“袁爷为了他自己一人，害死了我们满城百姓。”
大家正在彷徨无策之时，通判金启□（浙江人）临时想出了几件新式武器，将火药撒在芦花褥子和被单上，纷纷投到城下去。他将这件新式武器取名为“万人敌”。当时是正月，气候酷寒，攻城清兵见到被褥，就都来抢夺，城上将火箭、硝磺等引火物投下去，“万人敌”立即燃烧，烧死了无数清兵。另有一种“万人敌”是将火药放在空心的大泥团中，外面围以木框，点燃了药引投下城去，泥团不断旋转喷火，烧死敌兵。那位通判在赶制“万人敌”之时，火药碰到火星，不幸被烧死了。
这时城墙被撞垮了一丈多，袁崇焕不能再泰然自若了，亲自搬石来堵塞缺口，连受了两次伤。部将劝他保重。他厉声道：“宁远虽只区区一城，但与中国的存亡有关。宁远要是不守，数年之后，咱们的父母兄弟都成为鞑子的奴隶了。我若胆小怕死，就算侥幸保得一命，又有甚么乐趣？”撕下战袍来裹了左臂的伤口又战。将士在他的榜样之下，人人奋勇，终于堵上了缺口。二十五日清兵又猛攻，袁崇焕督将士死战。清太祖努尔哈赤也受了伤。血战三日，清兵损失惨重，终于不得不下令退兵。此役杀死了清军中着锦衣的军官十余人，即满洲人称为“牛录额真”的。清兵退去后，守军将五十名敢死队用长绳缒到城下，拾到了十余万支箭。城墙上给清兵挖出的洞穴有七十余个。这时点查火药库，火药也用尽了，局面真是危险得很。敌军解围而去之后，百姓感到安全了，满城大哭，纷纷去拜谢袁崇焕与满桂的救命之恩。为甚么要“满城大哭”？想来是既感激又惭愧，又是说不出的欣喜罢？
第二天早晨，清兵大队人马拥聚在城外大平原一边。袁崇焕派遣一名使者，备了礼物去送给努尔哈赤，对他说：“老将横行天下为时已久，今日败于小子之手，只怕是天意了。”努尔哈赤已受重伤，于是回送礼物及名马，约期再战。所谓“约期再战”，只是掩饰面子的话。努尔哈赤不敢再攻宁远，转而去攻觉华岛泄愤。
袁崇焕招募来的两广子弟兵，在宁远之战中似乎并未发生如何重大的作用。据我猜想，极可能是袁崇焕派了广东水师守觉华岛。觉华岛现在叫做菊花岛，在宁远海外，当时是关外屯聚粮草的重地，因为关外军粮靠海运接济，在觉华岛起卸最方便。寒冬之际，海面结了厚冰，变成了陆地，广东兵所擅长的水战完全用不上，只得把车辆排起来当防御工事，在冰上和清兵打陆战，结果全军覆没，岛上十余万石粮食尽被焚毁。这几千名广东海军，大概多数在这一役中牺牲了。努尔哈赤对诸贝勒说：“我自二十五岁以来，战无不胜，攻无不克。为甚么单是宁远一城就打不下来？”心中十分恼怒。此后伤势一直未愈，七月间到清河温泉疗养，派人去召大福晋（正妃）来，同回沈阳，在离沈阳四十里处的叆鸡堡逝世，年六十八岁。努尔哈赤一生只打了这一个大败仗。清人从此对袁崇焕十分敬畏。袁崇焕指挥这个战役很有儒将风度，坐轿子在城头敌楼中督战，打了胜仗之后，派使者送礼物给努尔哈赤，颇有《三国演义》中诸葛亮与周瑜羽扇纶巾、谈笑用兵的气派；也似南朝梁朝大将韦睿临阵时轻袍缓带，乘舆坐椅，手持竹如意指挥军队。韦睿身子瘦弱，但战无不胜，敌军畏之如虎，称为“韦虎”。不过到了当真危急之时，袁崇焕也不能再扮儒将了，只得以“蛮子”姿态来死拚。
①见李光涛《清入关前之真象》。但此节不见于其他记载，不知李先生有何根据。
②《清太祖实录》卷十。
③据日人稻叶君山《清朝全史》中所引述朝鲜使者当时在宁远城头的目睹记。
④据《胪天颂笔》。
⑤据计六奇《明季北略》中引宁远围城时在鼓楼前开店的一名花椒商人所述。
⑥据梁启超《袁崇焕传》。该传中叙述清兵败退后，“崇焕复开垒袭击，追北三十余里，清军大乱，死者逾万人。”与其他资料不符，今不龋。
⑦袁崇焕《祭觉华岛阵亡兵将文》：“慨自战守乖方，屡失疆土，天子赫然震怒，调南北水陆舟师，谓尔乘船如马，遂调之来为进取也。据尔等间关远至，岂不欲灭此朝食，一航而金复归，再航而黄龙扫哉？奈未尽其用而敌即来。冱寒之月，冰结舟胶，窘尔之所长，乌得不及于难？说者谓谋之不臧。不臧固不臧矣，然排山倒海之势，以十八万而临数千之水卒，即臧可奈何？而尔等计无复之，愤然以死，略无芥蒂，视当年之弃曳倒奔者，加一等也。人之罪至死而免，人之品至死而定。今将略尔罪而嘉乃忠，请命于天子，谅为之恤，所以不没汝等者，良有在也。吁嗟，巨浪茫茫，空山寂寂，皆汝等忠灵之所栖荡也，望故乡以何日？即转劫而无期，苒苒游魂，何不相结为厉，歼仇泄愤？在生之志，借死以伸，则虽死之日，犹生之年也，尔其勉之。不腆之奠，涕与俱之。尚飨。”《古今图书集成·职方典，广州府部·祠庙考》中，记载东莞县有一座敕建忠愍祠，“天启七年，奉敕建，为辽将死事阵策，在教场尾。”陈策不知怎样在辽西牺牲，相信他是袁崇焕从故乡带去的子弟兵之一。天启七年的冬天，袁崇焕已回东莞，这座忠愍祠很可能是他向朝廷申请，由皇帝下敕建造，以纪念他在关外殉国的旧部。
⑧清人所修的《明史·袁崇焕传》中说：“我大清举兵所向，无不摧破。诸将罔敢议战守。议战守自崇焕始。”
当朝中得到清兵大举来攻的讯息时，百官惊惶之极。兵部尚书王之光与廷臣商议，人人束手无策，以为这一次宁远一定要失了，不知山海关是否能保得祝后来得到捷报，朝野自然喜出望外，谢天谢地。
高第因不援宁远而免职，以王之臣代。袁崇焕升为右佥都御史。那是正四品的官。
三月，复设辽东巡抚，由袁崇焕升任。但魏忠贤见他地位重要了起来，开始对他提防，派了两名亲信太监刘应坤与纪用去宁远监军。皇帝派特务监视部队长官，是历代政治腐败时常常出现的情形。特务干预军事，后果一定极差，所以袁崇焕上疏反对，但抗议无效，特务太监非来不可。朝廷为了安抚他，加他一个兵部右侍郎（正三品，相当于国防部第二副部长）的头衔，并赏银币，子孙世袭锦衣千户。
在这时候，袁崇焕与大将满桂之间，发生了激烈冲突，冲突的原因在于另一个大将赵率教。
满桂和赵率教都是第一流的将领，但性格很不同。满桂是蒙古人，非常的戆直，简直有些傻里傻气。赵率教却十分的机灵精乖，相信他一定很会讨好上司，所以每一个辽东统帅自袁应泰、王在晋、孙承宗、高第、以至袁崇焕，个个都很喜欢他（在《碧血剑》小说里，当袁承志周岁时送金项圈的就是他）。满桂和他本来是非常要好的朋友。当清兵大举来攻宁远时，赵率教在前屯卫镇守，派了一名都司、四名守备带兵来援。当时大敌压境，赵率教自己不来和上司及好朋友共赴患难，所派的援兵又到得很迟，满桂大大不高兴，不许援兵进城，后来因袁崇焕的命令才放他们进来。等到宁远解围，赵率教想分功。满桂不许，又骂他为甚么自己不来救援，太没有义气。两人为此大吵。大概满桂的态度十分粗鲁，蒙古三字经骂之不已，说不定还想出拳打人，袁崇焕便袒护赵率教。冲突转移到了袁、满二人之间，或许满桂对上司不够尊敬，于是袁崇焕要求将满桂调走。
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气发作，冲动起来，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护满桂，袁崇焕又去和王之臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，于是将指挥权划分为二：关内的部队由辽东经略王之臣指挥，关外部队则由辽东巡抚袁崇焕指挥。经略的官比巡抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主持城防。
在这时候，袁崇焕上了一道奏章，提出守辽的基本战略，这道奏章有很大的重要性。
其中主张：一、用辽人守辽土；二、屯田，以辽土养军队；三、以守为主，等待机会再出击。他最担心的事，是立了功劳之后，敌人必定要使反间计，散播谣言，而本国必定有人妒忌毁谤。
他深知明军的战斗力不如清军，野战不利，只有用己之长，所以提出了战术的基本原则：“兵不利野战，只有凭坚城、用大炮一策。”所统带的部队无力打野战，作为主帅，自然深感棘手。但训练一支善打野战的劲旅，非一朝一夕之功，那是无可奈何的；而对于势所必至的朝臣忌功中伤，更是无可奈何，只有盼望皇帝和大臣们能加以照顾了。
袁崇焕也不是一味的蛮干，有时也有他机灵的一面。他对魏忠贤派去监视他的两名特务太监敷衍得很好。当年冬天，他带同赵率教以及两名特务太监刘应坤、纪用，兴办防御工事及屯田，渐渐又再收复了高第所放弃的土地。他在奏章中将这两名太监的功劳吹嘘了一番，所以魏忠贤和刘应坤、纪用三人都得到了封赏。刘、纪二人似乎也不是坏太监，并没有对袁崇焕掣肘阻挠，后来宁锦大战，刘应坤在宁远上城督战，纪用在锦州上城督战，都勇敢得很。大概二人为袁崇焕的忠勇所感召，也变得忠勇起来。可见也不是所有的太监都是坏人，主要还在领导者如何领导。
①《明史·满桂传》：“桂椎鲁甚，然忠勇绝伦，不好声色，与士卒同甘苦。”《明史·赵率教传》：“率教为将廉勇，待士有恩，勤身奉公，劳而不懈，与满桂并称良将。二人既殁，益无能办东事者。”
②袁崇焕奏章中说满桂“意气骄矜，谩骂僚属，恐坏封疆大计，乞移之别镇，以关外事权归率教。”
③《明史·袁崇焕传》引述他的奏章：“陛下以关内外分责二臣。用辽人守辽土，且守且战，且筑且屯。屯种所入，可渐减海运。大要坚壁清野以为体，乘间击瑕以为用。战虽不足，守则有余。守既有余，战无不足。
顾勇猛图敌，敌必仇，奋迅立功，众必忌。任劳则必召怨，蒙罪始可有功。怨不深则劳不著，罪不大则功不成。谤书盈箧，毁言日至，自古已然，惟圣明与廷臣始终之。”
努尔哈赤死后，第八子皇太极接位。
皇太极的智谋武略，实是中国历代帝皇中不可多见的人物，本身的才干见识，不在刘邦、刘秀、李世民、朱元璋之下。中国历史家大概因他是满清皇帝，由于种族偏见，向来没有给他以应得的极高评价。其实以他的知人善任、豁达大度、高瞻远瞩、明断果决，自唐太宗以后，中国历朝帝皇没有几个能及得上。努尔哈赤是罕有的军事天才，这个老将终于死了，继承人是一个同样厉害的人物。皇太极的军事天才虽不及父亲，政治才能却犹有过之。袁崇焕所受到的压力一点也没有减轻。皇太极接位之时，满洲正遭逢极大的困难。
努尔哈赤新死，满洲内部人心动荡。努尔哈赤遗命是四大贝勒同时执政，行的是集体领导制，皇太极的权位很不巩固。在经济上，因为与明朝开战，人参、貂皮等特产失去了传统市常满洲当时在生产上是奴隶制，掳掠了大批汉人来农耕，生产力相当低。但军队大加扩充，这时已达十五万人，军需补给发生很大问题，偏偏又遇上严重的天灾，辽东发生饥荒。如向关内侵略，却又打不破袁崇焕这一关。
在这时候，皇太极定下了正确的战略：侵略朝鲜。朝鲜物产丰富而兵力薄弱，正是理想的掠夺对象。在外交上，朝鲜采取的是“事大（对明）交邻（对日本、满清）”政策。明清交战时，朝鲜出兵助明，又供给明军皮岛总兵官毛文龙粮食，成为满清后方的一个牵制。皇太极进攻朝鲜，可以解决经济上、战略上的双重困难，同时在必定可以得到的军事胜利之中树立威望，巩固权位。
明朝方面的困难也相当不小，训练一支既能守，又能战，再能进一步收复失地的精锐野战军，需要相当时间。袁崇焕任宁前道佥事时，山海关外四城，纵深约二百里，广约四十里，屯兵六万余人，粮饷全靠关内支给。后来在孙承宗、袁崇焕主持下，恢复锦州、中屯、大凌河诸城，国防前线向北推展，屯田数千顷，兵士足食。高第代孙承宗为经略，尽弃锦州诸城，宁远没有了外卫，也没有了粮源。靠朝廷接济是很靠不住的，朝廷对于拖欠粮饷向来兴趣浓厚。袁崇焕做辽东巡抚，首要目标是修复锦州、大凌河等城堡的守备，然后屯田耕种。但筑城工程费时甚久，又不能受到敌人干扰，在和满清处于战争状态之时无法进行。所以明清双方，都期望有一段休战的时期，以便进行自己的计划。明方是练兵、筑城、屯田，清方是进攻朝鲜，巩固统治。在这样的局势下，具备了议和的条件。明方的议和是攻势的，最后目标是消灭满清，收复全部辽东失地。清方的议和主要是守势，目的在巩固已得的土地，要明方承认双方的现有疆界，双方和平共处，进行贸易。因为明清双方的国力实在太过悬殊。明方那时的人口，官方的纪录是六千多万，实际上远不止此数，当时男丁要被政府征去义务劳动，不参加的要缴钱代替，所以百姓尽可能的瞒报人口。外国学者们的估计相互差距很大，最高的估计认为那时中国人口是一亿五千万人。我相信决不会少于一亿人。女真人大概不到五十万人。人口的对比是二百比一甚至三百比一。满清所占的土地，只是今日吉林、辽宁、黑龙江的一部份，与明方相比也是相差极远。明方火器犀利，葡萄牙大炮尤其非清兵所能抵挡。
清方的长处，主要只是“明朝本身的腐败”，以及清军战斗力强劲和统帅部高明的军事才能。只要袁崇焕镇守宁远，清方的长处就发挥不出了。持久的缠斗下去，满清势必难以支持。袁崇焕宁远大捷，在军事上并无十分重要的意义，因为并没有摧毁清军的主力，甚至没有削弱清军的战斗力。然而在政治上，对士气与民心却有非常巨大的振奋作用，这使中国军民知道清军也不是不会打败仗的。经此一役之后，本来投降了满清的许多汉人官吏和士卒又逃回来了。宁远城头的大炮，轰碎了“女真满万不可敌”的神话。清方从来没有期望真能征服明朝。努尔哈赤和皇太极的祖宗，长期来做明朝所封的边疆小官。努尔哈赤幼时住在明朝大将李成梁家里，类似童仆奴隶。所以他们对于明朝有先天性的敬畏，自卑感很深。宁远之战，使他们下意识中隐伏着的自卑感又开始抬头。明朝是自己覆灭的，并非给满清所打垮。满清与明军交战，始终强调“七大恨”，满清认为明朝有七件大事欺侮女真人，逼得他们忍无可忍，才起兵反抗。满清一直没有自居能与明朝处于平等地位。
“七大恨”的基本思想，是抱怨明朝作为最高统治者，却在努尔哈赤与敌对部族发生争执时袒护对方，没有公平处理，那是下级对上级的申诉。例如第五大恨的“老女事件”，叶赫部的一个王公本来答应把他十四岁的妹妹送给努尔哈赤为妾，但二十年后，这个三十六岁的“老女”改嫁给蒙古王子，努尔哈赤认定是出于明朝的授意，身为上级而不秉公断事。
差不多在每个战役之后，清方总是建议谈和。因为他们对于目前的成就早就喜出望外，本来是做梦也想不到的，只求明方正式承认他们所占的土地，让他们能永久保有，就已心满意足了。但明朝从来置之不理，认为对方根本没有谈和的资格。明朝的态度是这样：“你们是朝廷的部属，只能服从命令，怎么能要求谈判和平？”这种死要面子的心理，使得明朝始终没有能争取到一段喘息的时间来整顿军备、巩固防御。袁崇焕充分了解到争取暂时和平的必要。努尔哈赤的逝世正是一个好机会。这时刚好有一个五台山的喇嘛李喇嘛来到宁远。满洲人信佛教，尊崇喇嘛，袁崇焕就请李喇嘛作居间的使者，派了两名都司和随从等三十三人，于天启六年十月去沈阳吊祭努尔哈赤之丧，作初步的和平试探。但他知道朝廷绝不喜欢提“议和”两字，所以报告朝廷时，只说是派人去窥探虚实，以决定对之征讨呢，还是招安。这种夸大的说法，目的自在满足皇帝和大臣的虚荣心。
明清双方统帅都熟知《三国演义》中的故事，袁崇焕这出“柴桑口卧龙吊丧”，皇太极如何会不省得？他将计就计，于十一月派了两名使者，与李喇嘛一起来到宁远，致书袁崇焕，表示了和平的意向。其中说：“你停息干戈，派李喇嘛来吊丧，并贺新君登位。你既以礼来，我也当以礼往，所以派官来道谢。至于和议一事，我父亲上次来宁远时，曾有文书给明朝朝廷，请你转呈，但迄今没有答复。你的君主如果答应前书，愿意和平，应当以诚信为先。”
书信中将金国（当时满清的正式国号是“金”，后来才改为“大清”。⑧）与中国平头并列。袁崇焕深刻了解朝廷自高自大，对于文书的体例十分看重，如将来信转呈，必定要碰大钉子，同时见到信中语气也不大客气，便告知使者说，此信格式不合，碍难入奏，将原信交给使者退回。皇太极改写了信封上的格式，袁崇焕认为仍然不对，又再退回。皇太极第三次改写，自处于较低地位，袁崇焕才收了信。但明朝仍是一贯的不答。第二年正月（在金国是天聪元年），皇太极再遣前使，致书袁崇焕求和，信中说：“两国所以构兵，在于以前明朝派到辽东的官员认为中国皇帝是在天上，自高自大，欺压弱小部族，我们忍无可忍，才起兵反抗。”下面照例列举七大恨，然后提议讲和。讲和要送礼，要求最初缔结和约时中国送给金国金十万两，银百万两、缎百万匹、布千万匹。缔约后两国每年交换礼物，金国送礼：东珠十颗，貂皮千张、人参千斤。中国送礼：金一万两、银十万两、缎十万匹、布三十万匹。两国缔结和约后，就对天发誓，永远信守。
所提的要求是经济性的，可见当时满清深感财政困难，对布匹的需要尤其殷切。大概袁崇焕要奏报朝廷，等候批复，所以隔了两个月金国使者才回去，随同明方使者，带去袁崇焕及李喇嘛的书信各一；猜想朝廷对金方的要求全部拒绝，所以袁崇焕无法作出任何让步，他的回信内容雄辩，文采焕发，说道：过去的纠纷，都是因双方边境小民口舌争竞而起，这些人都已受到了应得的惩罚，再要追究是非，也已无法到阴世地府去细查，只盼双方都忘记了吧。你十年苦战，既然为的只是这七件事，现在你的仇敌叶赫等等都早给你灭了。为了你们用兵，辽河两岸死者岂止十人？仳离改嫁的哪里只有老女一人？辽沈界内人民的性命都不能自保，还说甚么财物？你的仇怨早都雪了，早已志得意满。只不过这些极惨极痛之事，我们明朝难以忍受罢了。今后若要修好，那么请问：你如何退出已占去的城池地方？如何送还俘虏去的男女百姓？只有盼你仁明慈惠、敬天爱人而作出决定了。你所要求的财物，以中国物资的丰富，本来不会小气，只是过去没有成例，多取也不合天意，还是请你重行斟酌罢。和谈正在进行，你为甚么又对朝鲜用兵？我们文武官属不免怀疑你言不由衷了。希望你撤兵，以证明你的盛德。李喇嘛的信中说：袁巡抚是活佛出世，对于是非道理，心下十分分明，这样的好人是不容易遇到的，愿汗与各王子一切都放开了吧，佛说：“苦海无边，回头是岸”。皇太极回信给袁崇焕说：过去的怨仇，当然是算了，否则又何必议和修好？你们的土地人民归我之后，都已安定，这是天意，如果重行归还，那既违反天意，又对不起人民。金国所以要出兵朝鲜，完全是由于朝鲜不对，现在已讲和了。说到“言不由衷”，为甚么你一面说要修好，一面又派哨卒来我方侦察，收纳我方逃亡，部队逼近我边界，修筑城堡？其实是你才“言不由衷”，我国将帅对你也大有怀疑。至于所要求的“初和之礼”，金银等可以减半，缎布只要原来要求的半成。我方也以东珠、人参、狐皮、貂皮等物还赠，表示双方完全公平。既和之后，双方互赠仍如前议。如果同意，希望办得越快越好。关于来往书信的格式，皇太极提议：“天”字最高，明朝皇帝低“天”一字，金国汗低明朝皇帝一字，明朝诸臣低金国汗一字。他答复李喇嘛的信中，抱怨明朝皇帝对他的书信从来不加理睬；又说：你劝我“苦海无边，回头是岸”，这话很对，但为甚么只劝我而不去劝明朝皇帝？如果双方都回头修好，岂不甚善？后来皇太极又致书袁崇焕，抗议他修筑塔山、大凌河、锦州等城的防御工事，认为是缺乏和平诚意，并提议划定疆界。平心而论，明朝朝廷瞧不起金国，于对方来信一概不答，只由地方官和对方通信，金国也难免气愤。金国的经济要求，虽说是双方互赠，实质上当然是金方大占便宜。金方答应赠送的东珠、人参、貂皮等物，大概最多只能抵过绸缎布匹的价值，明方付出的每年一万两黄金、十万两银子，等于是无偿赠与。那时一两黄金约等于十两银子（明初等于四两，后来金贵银贱），明朝每年以二十万两银子买得一年和平，代价低廉之至。熊廷弼守辽之时，单是他一军每个月的饷银就需十多万两银子。如果有了十年和平，大加整编军队，再出兵挑战，主动与被动的形势就转过来了。
皇太极对于缎布的要求一下子就减少了百分之九十五，而且又建议以适当礼物还报，希望和议尽快办理，可见对于缔结和平的确具有极大诚意。他自知人口与兵力有限，经不起长期的消耗战。此后每发生一次战争，便提一次和平要求。当时议和的障碍，主要是在明朝的文官。明朝的大臣熟悉史事，一提到与金人议和，立刻想到的就是南宋和金国的和议，人人都怕做秦桧。大家抱着同样的心理：赞成和金人议和，就是大汉奸秦桧。这是当时读书人心中的“条件反射”。袁崇焕从实际情况出发主张议和，朝臣都不附和。辽东经略王之臣更为此一再弹劾袁崇焕，说这种主张就像宋人和金人议和那样愚蠢自误。其实，明朝当时与宋朝的情况大不相同。在南宋时，金兵已占领了中国北方的全部，议和等于是放弃收复失地。但在明朝天启年间，金人只占领了辽东，辽西的南部在明人手中，暂时议和，影响甚校南宋之时，岳飞、韩世忠、刘□、张竣吴□、吴□等大将，都是兵精能战，金人后方不稳，形势上利于北伐，议和是失却了恢复的良机。明末军队的战斗力远不及金兵，惟一可以依赖的只有西洋大炮。但当时的大炮十分笨重，不易搬动，只能用于守城，不能用于运动战。
对于明朝最重要的是，宋金议和，宋方绝对屈辱，每年片面进贡金帛，并非双方互赠。宋朝皇帝对金称臣。然而皇太极却甘愿低于明朝皇帝一级，只要求比明朝的诸臣高一级。皇太极一再表示，金国不敢与中国并列，只希望地位比察哈尔蒙古人高一等就满足了。
他和袁崇焕书信来往，态度上是很明显的谦恭。可见宋金议和与明金议和两事，根本不能相提并论。皇太极明白明人的想法，所以后来索性改了国号，不称金国，而称“大清”，以免引起汉人心理上敌对性的连锁反应。袁崇焕和皇太极信使往来，但因朝中大臣视和议如洪水猛兽，谈判全无结果。当时主张和金人议和，非但冒举国之大不韪，而且是冒历史上之大不韪。中国过去受到外族的军事压力而议和，通常总是屈辱性的，汉人对这件事具有先天性的反感，非常方便的就将“议和”、“投降”、“汉奸”三件事联系在一起。当军事上准备没有充分之时，暂时与外敌议和以争取时间，中国历史上两个最出名的英主都曾做过。汉高祖刘邦曾与匈奴议和，争取时间来培养国力，到汉武帝时才大举反击。唐太宗李世民曾与突厥议和（那时是他父亲李渊做皇帝，但和议实际上是李世民所决定），等到整顿好军队后才派李靖北伐，大破突厥。不过这不是中国历史上传统观念的主流。主流思想是：“与侵略本国的外敌议和是投降，是汉奸。”其实，同是议和，却有性质上的不同，决不能一概而论。基本关键在于：议和是永久性的投降？还是暂时妥协、积极准备而终于大举反攻、得到最后胜利？议和停战只是策略，决不等于投降。然而明末当国的君臣都是庸才，对于敌我双方力量的对比、大局发展的前途都是茫无所知，既无决战的刚勇，也无等待的韧力。袁崇焕精明正确的战略见解，朝廷中下意识的认为是“汉奸思想”。
袁崇焕当然知道如此力排众议，对于自身非常不利，然而他已将自身安危全然置之度外，只是以大局为重。以他如此刚烈之人，对声名自然非常爱惜，给人骂“汉奸”，那是最痛苦的事。比较起来，死守宁远、抗拒大敌，在他并不算是难事，最多打不过，一死殉国便是，那是心安理得的。但要负担“历史罪人、民族罪人、名教罪人”的责任，可艰巨得多了。越是不自私的人，越是刚强的人，越是不重视性命而不肯忍受耻辱。越是儒家的书读得多，心中历史感极其深厚的人，越是宝贵自己的名节。文天祥《正气歌》中所举那些慷慨激烈的事迹，如张巡睢阳死守，颜杲卿常山骂贼，袁崇焕做起来并不困难。对于性格柔和的人，当然是委曲求全易而慷慨就义难，在袁崇焕这样的伟烈之士，却是守宁远易而主和议难。主张议和，他必须违反历史传统、违反举国舆论、违反朝廷决策、更违反自己的性格。上下古今，一切都反，连自己都反。他是个冲动的热情的豪杰，是“宁为直折剑、犹胜曲全钩”的刚士，是行事不顾一切、“几大就几大”的蛮子，可是他终于决定：“忍辱负重”。
在他那个时代，绝无尊重少数人意见的习惯与风度。连袁崇焕自己在内，都相信“国人皆曰可杀”多半便是“可杀”。那是一个非此即彼、决不容忍异见的时代，是正人君子纷纷牺牲生命而提出正义见解的时代。卑鄙的奸党越是在朝中作威作福，士林中对风骨和节操越是看重。东汉和明末，是中国历史上读书人道德价值最受重视的两个时期。岁寒坚节，冰雪清操，在当时的道德观念中，与“忠”、“孝”具有相同的第一等地位。他很爱交朋友，知交中有不少是清流派的人。如果他终于因主和而为天下士论所不齿，对他将是多么严重的事。他对金人的和谈并不是公开进行的，因此并没有受到普遍的抨击，但他当然预料到将来终于要公开，清议和知友的谴责不可避免的会落到头上。
在袁崇焕死后十三年的崇祯十五年，明朝局势已糜烂不可收拾。洪承畴于所统大军全军覆没后投降满清。松山、锦州失守。崇祯便想和满清议和，以便专心对付李自成、张献忠等民军。兵部尚书陈新甲更明白无力两线作战，暗中与皇帝筹划对满清讲和。崇祯和陈新甲不断商议，朝中其他大臣听到了风声，便纷纷上奏，反对和议。崇祯矢口不认，说根本没有议和的事，你们反对甚么？崇祯每次亲笔写手诏给陈新甲，总是郑重警诫：这是天大机密，千万不可泄漏而让群臣知道了。该年八月，崇祯派亲信又送一道亲笔诏书去给陈新甲，催他尽快设法和满清议和。陈新甲出外办事去了，不在家，那人便将皇帝的密诏留在他书房中的几上而去。陈新甲的家童误以为是普通的《塘报》（各省派员在京所抄录的一般性上谕与奏章，称为《塘报》），拿出去交给各省驻京办事处传抄。这样一来，皇帝暗中在主持和议的事就公开了出来，群臣拿到了证据，登时哗然，立刻上奏章反对。
皇帝再也无法抵赖，恼怒之极，下诏要陈新甲解释，责问他为甚么主张议和，罪大恶极之至。陈新甲的声辩书中引述了不少皇帝手诏中的句子，证明这是出于皇上的圣意。崇祯更失面子，老羞成怒，下旨：陈新甲着即斩决。理由是流寇破城，害死皇帝的亲藩，兵部尚书应负全责。那时距明朝之亡已不过一年半，局面的恶劣可想而知，但群臣还是坚决反对议和，连皇帝也不得不偷偷和国防部长暗中商量，表面上坚决不肯承认，最后消息泄漏，便杀了国防部长以卸自己责任。从这件事中，可以见到当时对“议和”是如何的忌讳，舆论压力是如何沉重。连崇祯这样狠辣的皇帝，也不敢对群臣承认有议和之意。
袁崇焕却胆敢进行议和。那正是出于曾子所说“只要深信自己的道理对，虽有千万人反对，我还是干了”那种浩然之气。诸葛亮出师北伐，天下皆称其忠。岳飞苦战抗敌，天下皆知其勇。袁崇焕的功业或许比不上诸葛亮和岳飞，虽然，那也是很难真正比较的，然而他身处嫌疑之地而行举世嫌疑之事，这种精神上的痛苦负担，诸葛亮和岳飞却幸而不必经受。袁崇焕有一句诗：“心苦后人知”。当真是英雄寂寞，壮士悲歌。他明知不能得到当时的谅解，只盼望自己这番苦心孤诣能为后人所知。当我写到这一段文字时，想到他的耿耿之怀，悠悠之心，忍不住又感到了剧烈的心酸，感到了他英雄性格中巨大的悲壮美，深刻的凄怆意。
正确的战略决策无法执行，朝政越来越腐败，在魏忠贤笼罩一切的邪恶势力下做官，天天都可以送掉了性命。关外酷寒的天气，生长于亚热带的广东人实在感到很难抵受。在这期间，袁崇焕从广东招募来的人员中有人要回故乡去了，临别时问他：你留在这里继续担当艰危呢，还是回乡以求平安？他写了一首诗回答：我和你曾同生共死，我的内心你还不明白吗？又何必问安危去留？我在这里奋不顾身，本来不是为了富贵。故乡的亲友们如果问起，请你转告：边界还没有平靖，我只有感到惭愧，当然要继续干下去。袁崇焕是三兄弟中的老二。大哥崇灿当他在关外时在故乡逝世。三弟崇煜随着他在军中办事，后来也告辞回乡。袁崇焕从宁远送他到山海关而分手，写了两首诗给他，说：边疆需要人守御，升平还没有得到，我早已决心报国，安危去留的问题不必提了。
①皇太极在西方人的书中写作Abahai，法国学者格奥赛（RenéGrousset）在《中华帝国的兴起与辉煌》一书中有“一六四四年的大变”一章，其中说：“皇太极是蛮人中的一个天才，他把本族人民的军事才能，和对文明生活的天生理解相结合起来。”
②清《太宗实录卷三》：天聪元年，“时国中大饥，斗米价银八两，人有相食者。国中银两虽多，无外贸易，是以银贱而诸物腾贵。良马，银三百两。牛一，银百两。蟒缎一，银百五十两。布匹一，银九两。盗贼繁兴，偷窃牛马，或行劫杀。于是诸臣入奏曰：盗贼若不按律严惩，恐不能止息。上恻然，谕曰：今岁国中因年饥乏食，致民不得已而为盗耳。缉获者，鞭而释之可也。遂下令，是岁谳狱，姑从宽典。仍大发帑金，散赈饥民。”他宽待因饥饿而为盗的百姓，与崇祯督促部将“限期破贼、杀贼立功”的政策恰正相反。
③何柄棣：The Ladder of Success in Imperial China, Aspects of SocialMobility, 1368-1911一书中，认为明初人口六千五百万，到明末时已涨了一倍以上。
④王钟翰：《满族在努尔哈赤时代的社会经济形态》一文中，根据朝鲜《兴京二道河子旧老城》的资料，认为一六二一年时，努尔哈赤的兵数二十万，再加上妇女老少，“全人数当在四、五十万左右。”
⑤《天聪实录稿》元年三月初二日，“秀才岳起鸾曰：我国宜与明朝讲和。若不讲和，则我国人民死散殆荆”《明清史料》甲编，天聪二年八月“事局未定”奏疏：“南朝虽师老财匮，然以天下之全力，毕注于一隅之间，盖犹裕如也。”《东华录》载天聪三年八月戊辰，“大臣同谋倡逃”。《明清史料》乙编载，崇祯二年二月二十一，袁崇焕塘报：“一日之内，降者竟前后接踵而至。”
⑥“七大恨”：一、明朝杀害金人的二祖；二、袒护金人的仇敌哈达；三、越界出兵，助金人的世仇叶赫抗金；四、明人越界，金人根据誓约杀了，明朝勒索金方交出十人来杀死，以资报复；五、明朝造成老女改嫁；六、移置界碑，抢夺金国的人参、貂皮；七、听信叶赫，写信来辱骂侮慢。
⑦“观其向背离合之意，以定征讨抚定之计。”见《两朝从信录》。
⑧当时满清的正式国号是“金”，史书上称为“后金”，以与宋朝时的“金”有所分别。到天聪十年（明崇祯九年）才改为“大清”。所以本文中的满清，其实都应称“金”。“满洲”的名称，也要到改了“大清”的国号之后才出现，以前称“建州”或“女真”。多数学者认为，“满洲”是文殊菩萨的“文殊、曼殊”的音转。为了便于读者，本文中不将“金、清”“建洲、满洲”等称呼根据历史年代而作分别。
⑨《太宗实录稿》：天聪七年十月，皇太极责骂主张出兵南攻之人：“天予我有数之兵，若稍亏损，何以前图？”宋高宗绍兴十一年十二月杀岳飞。十二年正月，宋金和议达成，高宗赵构向金国上表称臣，表中说：“臣构言：既蒙恩造，许备藩方，世世子孙，谨守臣节。每年皇帝生日并正旦，遣使称贺不绝。岁贡银二十五万两，绢二十五万匹。”《太宗实录》卷十二，天聪六年六月，皇太极致书大同守将求和，信中说：“和事既成，自当逊尔大国，尔等亦视我居察哈尔之上可也。”皇太极来信的开头是（根据原信）：“汗致书袁老先生大人”。（后来乾隆时修订《太宗实录》觉得语气太卑，才改为《皇帝致书袁巡抚》，但当时皇太极未称帝，决不可能有“皇帝”的称呼。）袁崇焕书信的开头是：“辽东提督部院，致书于汗帐下：再辱书教，知汗渐欲恭顺天朝，息兵戈以休养部落，即此一念好生，天自鉴之，将来所以佑汗而昌大之者，尚无量也。”后来皇太极在写给祖大寿的信中（那时袁崇焕已死），曾说：“尔国君臣，惟以宋朝故事为鉴，亦无一言复我。
然而明主非宋之苗裔，朕亦非金之子孙。彼一时，此一时，天时人心，各有不同。尔大国岂无智慧之时流，何不能因时制宜乎？”其实努尔哈赤、皇太极等一直自认是金的子孙，他为了求和，连祖宗也不认了。他后来在写给崇祯的奏章中说：“诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。”所以他的知己程本直说：“举世皆巧人，而袁公一大痴汉也。唯其痴，故举世最爱者钱，袁公不知爱也。唯其痴，故举世最惜者死，袁公不知怕也。于是乎举世所不敢任之劳怨，袁公直任之而弗辞也。于是乎举世所不得不避之嫌疑，袁公直不避之而独行也。”所谓“举世所不得不避之嫌疑”，就是与金人议和。《孟子·公孙丑》：“昔者曾子谓子襄曰：‘……自反而缩，虽千万人，吾往矣。’”袁崇焕《边中送别》：“五载离家别路悠，送君寒浸宝刀头。欲知肺腑同生死，何用安危问去留？策杖只因图雪耻，横戈原不为封侯。故园亲侣如相问，愧我边尘尚未收。”袁崇焕《山海关送季弟南还》：“公车犹记昔年情，万里从我塞上征。牧圉此时犹捍御，驰驱何日慰升平？
由来友爱钟吾辈，肯把须眉负此生？去住安危俱莫问，燕然曾勒古人名。”“弟兄于汝倍关情，此日临歧感慨生。磊落丈夫谁好剑？牢骚男子尔能兵。才堪逐电三驱捷，身上飞鹏一羽轻。行矣乡邦重努力，莫耽疏懒堕时名。”其中“磊落丈夫谁好剑？牢骚男子尔能兵”两句，写出了他两兄弟豪迈的性格，就诗而论，也是豪迈的好诗。
在这段时期中，皇太极进攻朝鲜，打了几个胜仗后，朝鲜投降，订立了对满清十分有利的和约，每年从朝鲜得到粮食、金钱和物品的供应。皇太极本来提出三个条件：割地、擒毛文龙、派兵一万助攻中国。朝鲜对这三个条件无法接纳，但在经济上尽量满足满清的要求。同时在此后的明清战争中，朝鲜改守中立，使满清去了后顾之忧。
在皇太极对朝鲜用兵之时，袁崇焕加紧修筑锦州、中左、大凌河三城的防御工事，派水师去支援皮岛的毛文龙，另派赵率教、朱梅等九员将领率兵九千，进兵三岔河，牵制清军，作朝鲜的声援。但朝鲜不久就和满清订了城下之盟，赵率教等领兵而回，并未和清军接触。
皇太极无法和明朝达成和议，却见袁崇焕修筑城堡的工作进行得十分积极，时间越久，今后进攻会更加困难，于是决定“以战求和”，对宁远发动攻击。
天启七年五月，皇太极亲率两黄旗、两白旗精兵，进攻辽西诸城堡，攻陷明方大凌河、小凌河两个要塞，随即进攻宁远的外围要塞锦州。五月十一，皇太极所率大军攻抵锦州，四面合围。这时守锦州的是赵率教，他和监军太监纪用守城，派人去与皇太极议和，那自是缓兵之计，以待救兵。皇太极不中计，攻城愈急。袁崇焕派遣祖大寿和尤世禄带了四千精兵，绕到清军后路去包抄，又派水师去攻东路作为牵制。这时天热，海上不结冰，水师用得着了。赵率教是陕西人，这人的人品本来是相当不高的。努尔哈赤攻辽阳时，赵率教是主帅袁应泰的中军（参谋长）。袁应泰是不懂军事的文官，赵率教却没有尽他做参谋长的责任，这个战役指挥得一塌胡涂。清军攻破辽阳，袁应泰殉难，赵率教却偷偷逃走了，论法当斩，不知如何得以幸免，想来是贿赂了上官。后来王化贞大败，关外各城都成为无人管的地方，赵率教申请戴罪立功，带领了家丁前去接收前屯卫，但到达时发觉已被蒙古人占住，他便不敢再进。努尔哈赤攻宁远，赵率教在前屯卫，距离很近，自己不亲去赴援，后来宁远大捷，他却想分功，以致给满桂痛骂，酿成了很大风波。和满桂冲突时，袁崇焕相当支持他。赵率教感恩图报，又得袁崇焕时时勉以忠义，到锦州大战时，他突然之间似乎变了一个人。他和前锋总兵左辅、副总兵朱梅等率兵奋勇死战，和皇太极部下的精兵大战三场，胜了三场，小战二十五场，也是每战都胜。从五月十一打到六月初四，二十四天之中，无日不战，战况的激烈，不下于当年宁远大战。六月初四那天，皇太极增兵猛攻。锦州城中放西洋大炮，又放火炮、火弹和矢石，清兵受创极重。攻到天明时，皇太极见支持不住了，只得退兵，退到小凌河扎营，等候各路兵马集中整编。赵率教转怯为勇，自见敌潜逃到拚死守城，自畏缩不前到激战二十四日，到后来更在保卫北京之役中血战阵亡，终于在历史上与满桂齐名，成为当时的两大良将。他这个重大转变，非常突出的证明了袁崇焕的领导才能。皇太极整理好了部队，转而去攻宁远。
清军上次在宁远吃过败仗，兵将心中对袁崇焕都是很忌惮的。大贝勒代善见城中有备，就勒兵不攻。皇太极对诸将说：“先汗攻宁远不克，这次我攻锦州又不克，若再攻不下宁远，我可要声名扫地了。”于是下令总攻，击破城下明军骑兵，直薄城壁。比之第一次宁远之战，袁崇焕部的战斗力已有增强，敢于到城外决战了。上次要清军退后，才派五十名敢死队缒到城下拾箭枝，可见不敢开城门。
满桂率领明军在城南二里列阵，城墙下环列枪炮。皇太极佯败，想引明军来攻，然后伏兵齐起。但明军没有上当，守垒不追。皇太极于是回军再战。
袁崇焕亲上城头督战，大声呼叫。满桂战于城外。祖大寿、尤世禄回师攻击清兵后路。双方死伤均重，满桂身中数箭。明军野战终于打不过清军，于是退入城中据守。这场大战打得十分惨烈，城壕中填满了两方军士的死尸。守军又以葡萄牙大炮轰击，击碎清方大营帐一座及皇太极的白龙旗，杀伤清兵不少。明方的报告说，皇太极长子召力兔贝勒胸口中箭，另一子浪荡宁古贝勒在阵上被明军射杀，又杀固山（领七千五百人）四人、牛录（领三百人）三十余名。这报告失之夸大，事实上并无皇太极的儿子在此役中阵亡。但清方纪录中也说：济尔哈朗贝勒、萨哈廉贝勒、大将瓦克达、阿格等均受伤。皇太极见部队损失重大，只得退兵，再攻锦州南面，亦不能拔，将士又遭到不少伤亡，将领觉多拜山、巴希等阵亡。七月，清兵败回沈阳。这一役明朝称为“宁锦大捷”，是明军对清军第二次血战胜利。袁崇焕在报功的奏章中，力称功劳最大的是满桂。他和满桂向来颇有意见冲突，但在奏章中力称宁远大捷以满桂之功居多，可见光明磊落，大公无私。
第一次宁远大捷是天启六年正月，第二次宁锦大捷是七年五月，相隔一年零四个月。
在这短短的十六个月之间，袁崇焕加强了明军的战斗力，抢筑了锦州的防御工事，固守在清军的后路，使皇太极有后顾之忧，不敢久攻宁远。同时清军先攻锦州不克，再攻宁远，气势已挫。可见袁崇焕这十六个月中的准备工作收到了很大成效。如果能多一些和平时期，局面当然更有改进。这一仗大捷，军事上的主要因素之一，还是靠了葡萄牙的红衣大炮。明朝这时本来已驱逐了葡萄牙人的天主教传教士。传教士波尔、米克耳两人见到明清交兵，有机可乘，便发动澳门的葡人，向明朝提供军费和炮手。明朝于是召还已驱逐了的教士。本来秘密传教变成了公开，大批葡萄牙教士和炮手进入中国。后来中国在外国教士和技师指导之下自行铸炮。所铸成的大炮也封了官，称为“安国全军平辽靖虏将军”，还派官祭炮，请将军发威破敌。金人要直到数年之后，才因投降的明人之助而开始铸造大炮。
袁崇焕在政治上属于魏忠贤的敌对派系。他中进士的主考官韩□、保荐他的御史侯恂等都是东林党的巨头。袁崇焕当然不肯克扣军饷去孝敬魏忠贤。但为了大目标是守御锦州、宁远，他也相当的委曲求全。各省督抚都为魏忠贤建生祠，袁崇焕如果不附和，立刻就会罢官，守御国土的大志无法得伸，因此当时也只得在蓟辽为魏忠贤建生祠。
但魏忠贤仍是不满意。所以虽有宁锦大捷，袁崇焕却得不到甚么重赏，只升官一级。
奉承魏忠贤的官员却有数百人因此大捷而升官，理由是在朝中策划有功，连魏忠贤一个尚在襁褓中的婴儿从孙，也因此而封了伯爵。魏忠贤是太监，没有儿子，只好大封他侄儿，封他侄儿的儿子。魏忠贤这时更叫一名言官弹颏袁崇焕，说他没有去救锦州为“暮气”。
袁崇焕在这样的压力之下，只得自称有病，请求辞职。魏忠贤立刻批准，派兵部尚书王之臣去接替。皇太极听到这个消息，当然是大喜若狂，而听到加给袁崇焕的罪名与评语竟是“暮气”两字，恐怕大喜之余，却也不免愕然良久吧？袁崇焕这样的人竟算“暮气沉沉”，却不知谁才是“朝气蓬勃”？袁崇焕离开宁远时，心中感慨万千，可想而知。那时他还只四十岁左右，方当壮盛的英年，正是要大展抱负的时候。立了大功反而被迫退休，他的部属将士既感诧异，更是忿忿不平。他写了一首诗给一个部将，诗中说：我们慷慨同仇，间关百战，功劳不小，皇上的恩遇也重。但我的苦心，却只有后人知道了。建功立业固然很好，回家休养也是不错。对于我的去留，大家不必感到不平罢。这首诗显得很有气度。
不过他对于天启皇帝，还是十分感激的。他本来是一个七品知县，自天启二年到七年夏天，短短的五年半之间，几乎年年升官，中间还跳级，直升到“巡抚辽东、兵部右侍郎、兼都察院右佥都御史”，实在算是飞黄腾达。他自觉升官太快，曾上疏辞谢。他说在诸同年中，官职最高之人和他也差着好几级，为了要做部属武将的榜样，请皇帝收回升赏的成命。皇帝批复说：你接连三次谦辞，品德很好，但你功劳大，升官是应该的。他在回广东故乡途中，经过大庾岭时写了一首诗，感念天启对他的知遇之恩。他心中明白，天启是个昏君，可是对待自己实在很好。他到了广州，去光孝寺游览，踏足佛地，不禁想到生平杀人甚多，和环境大不调和，然而那也只是感到不调和而已。英雄豪杰，一往无悔，却也无须对菩萨低头，不必对杀了该杀之人有甚么遗憾。
①袁崇焕的奏章中说：“十年来，尽天下之兵，未尝敢与奴合马交锋，即臣去年，亦自城上而下攻。自今始一刀一枪，下而拚命，不顾夷之凶狠剽悍。臣复凭堞大呼，分路进追。诸军忿恨，誓一战以挫此贼。此皆将军满桂之功居多。”
②马耳丁的《鞑靼战记》中大吹葡萄牙传教的功劳，又说：“上帝对于信仰基督教的皇帝必予福佑，所以中国皇帝对鞑靼人（指满清）作战大胜。”其实天启皇帝信仰的是鲁班先师，并没有信仰基督教的上帝。据冯承钧译、沙不列撰：《明末奉使罗马教廷耶稣会士卜弥格传》：崇祯三年，澳门葡人队长率士卒四百、大炮十尊入境效力。广州巨商恐失垄断中西贸易之利，厚赂朝臣，加以阻挠。后葡军队长公沙的西劳阵亡于登莱。《碧血剑》小说略取其意。③袁崇焕《南还别陈翼所总戎》：“慷慨同仇日，间关百战时，功高明主眷，心苦后人知。麋鹿还山便，麒麟绘阁宜。去留都莫讶，秋草正离离。”其中“功高明主眷”这一句，不免含有苦涩的意味。天启决不是明主，天下皆知，自己功高如此，结果却得了这样的“眷”，这位“明主”，真是“明”得很了。
④袁崇焕《天启六年六月初十日谢升荫疏》中说：“且武人奔竞，少竖立便欲厚迁，稍不合辄思激去，要挟朝廷，开衅同类，今边疆始终不得一人之用，臣最疾之。臣今日不自处于恬，何以消诸将之竞？况臣原无富贵之心，又皇上所鉴也。”对这个辞赏的奏章，朝廷的批答是：“奉圣旨：袁崇焕存城功高，加恩示酬，原不为过；乃三疏控辞，愈征克让。还着遵旨□承。该部知道。”
⑤袁崇焕《归庾岭》：“功名劳十载，心迹渐依违。忍说还山是？难言出塞非。主恩天地重，臣遇古今希数卷封章外，浑然旧日归。”
⑥袁崇焕《遇诃林寺口占》：“四十年来过半身，望中□树隔红尘。如今着足空王地，多了从前学杀人。”
天启皇帝熹宗捉了几年迷藏（他初做皇帝时，爱和小太监捉迷藏），做了几年木工（不是做皇帝），天启七年八月，在二十三岁上死了。天启的儿子都已夭折，有些后妃怀了孕，也都被客氏和魏忠贤设法弄得流产，所以没有儿子。由他亲弟弟信王由检接位，年号崇祯。朱由检当时虚岁是十八岁。他生于万历三十八年十二月，其实只十六岁另八个月。这个十七岁的少年皇帝不动声色的对付魏忠贤，先将他的党羽慢慢收拾，然后逼得他自杀。这场权力斗争处理得十分精采。
魏忠贤死后，附和他的无耻大臣被称为“逆党”，或杀头，或充军，或免职，人心大快，在“宁锦大捷”中冒功的人也都被清除了。被魏忠贤逆党排挤罢官的大臣又再起用，他们都主张召回袁崇焕。天启七年十一月，升袁崇焕为右都御史、视兵部添注左侍郎事。
崇祯元年四月，再升他为兵部尚书、兼右副都御史、督师蓟辽、兼督登莱天津军务。兵部尚书是正二品的大官，所辖的军区，名义上也扩大到北直隶（河北）北部和山东北部沿海，成为抗清总司令。不过蓟州、天津、登莱各地另有巡抚专责，所以袁崇焕所管的实际还是山海关及关外锦宁的防务。明末军制，在外带兵的文臣，头衔最高的是督师，通常以木学士兼任，宰相出外带兵，才称督师；其次是总督或经略，由兵部尚书或侍郎兼任；更其次是巡抚；巡抚之下才是武将中最高的总兵官。袁崇焕不是大学士，却有了大学士方能得到的军事最高官衔。以前辽东历任军事长官都只是经略或巡抚。
那时距他做知县之时还只六年。
袁崇焕在广东家居这几个月中，与一般文人诗酒唱和，其中最著名的朋友是陈子壮。
陈子壮是广东南海人，和袁同科中进士，陈是探花。他在作浙江主考官时出题目讽刺魏忠贤，因而被罢官。袁陈两人同乡同年，又志同道合，交情自然非同寻常。陈子壮在崇祯时起复，做到礼部侍郎，后来在广东九江起兵抗清，战败被俘，不降而死，也是广东著名的民族英雄。当时与袁时常在一起聚会的，还有几个会做诗的和尚。
袁崇焕应崇祯的征召上北京时，他在广东的朋友们替他饯行。画家赵□夫画了一幅画，图中一帆远行，岸上有妇女三人、小孩一人相送。陈子壮在图上题了四个大字：“肤公雅奏”，“肤公”即“肤功”，祝贺他“克奏肤功”的意思。图后有许多人的题诗，第一个题的就是陈子壮。这幅画本来有上款，后来袁崇焕被处死，上款给收藏者挖去了，多次易手流转，到光绪年间才由王鹏运考明真相。一群广东文人后来将图与诗影印成一本册子，承一位朋友送了我一本。原图目前是在香港。“肤公雅奏图”上的题诗，大都是称誉袁崇焕的抗清功绩，预料此去定可扫平胡尘、燕然勒石，麟阁题名等等。好几人诗句中都提到袁崇焕的“谈锋”、“高谈”、“笑谈”。喜与朋友们高谈阔论，一定是他个性中很显著的特点。在这幅画上题诗的共有十九人，其中有和尚三人，有几个是袁的幕僚。值得注意的是，有八个人在十处地方提到了黄石公、赤松子、圯上、素书的典故，这决不会是偶然现象。这典故是说张良立了大功之后，随即退隐，才避免给猜忌残忍的刘邦所杀。在这次饯别宴中，袁崇焕的朋友们一定强调必须“功成身退”，大家对于皇帝的狠毒手段都深具戒心，所以在诗中一再警戒。七月，袁崇焕到达北京，崇祯召见于平台，那是在明官左安门。崇祯见到袁崇焕后，先大加慰劳，然后说道：“建部跳梁，已有十年了，国土沦陷，辽民涂炭。卿万里赴召，忠勇可嘉，所有平辽方略，可具实奏来！”
袁崇焕奏道：“所有方略，都已写在奏章里。臣今受皇上特达之知，请给我放手去干的权力，预计五年而建部可平，全辽可以恢复。”崇祯道：“五年复辽，便是方略，朕不吝封侯之赏。卿其努力以解天下倒悬之苦！卿子孙亦受其福。”袁崇焕谢恩归班。崇祯暂退少憩。给事许誉卿就去问袁崇焕，用甚么方略可以在五年之内平辽。袁崇焕道：“我这样说，是想要宽慰皇上。”许誉卿已服侍崇祯将近一年，明白皇帝的个性，袁崇焕却是第一次见到皇帝。许誉卿于是提醒他：“皇上是英明得很的，岂可随便奏对？到五年期满，那时你还没有平辽，那怎么得了？”袁崇焕一听之下，爽然自失，知道刚才的话说得有些夸张了。他答应崇祯五年之内可以平定满清、恢复全辽，实在是一时冲动的口不择言，事实上那是根本不可能的。袁崇焕和崇祯第一次见面，就犯了一个大错误。大概他见这位十七岁半的少年皇帝很着急，就随口安慰。
过了一会，皇帝又出来。袁崇焕于是又奏道：“建州已处心积虑的准备了四十年，这局面原是很不易处理的。但皇上注意边疆事务，日夜忧心，臣又怎敢说难？这五年之中，必须事事应手，首先是钱粮。”崇祯立即谕知代理户部尚书的右侍郎王家桢，必须着力措办，不可令得关辽军中钱粮不足。袁崇焕又请器械，说：“建州准备充分，器械犀利，马匹壮健，久经训练。今后解到边疆去的弓甲等项，也须精利。”崇祯即谕代理工部尚书的左侍郎张维枢：“今后解去关辽的器械，必须铸明监造司官和工匠的姓名，如有脆薄不堪使用的，就可追究查办。”袁崇焕又奏：“五年之中，变化很大。必须吏部与兵部与臣充分合作。应当选用的人员便即任命，不应当任用的，不可随便派下来。”崇祯即召吏部尚书王永光、兵部尚书王在晋，将袁崇焕的要求谕知。袁崇焕又奏：“以臣的力量，制全辽是有余的，但要平息众人的纷纷议论，那就不足了。臣一出京城，与皇上就隔得很远，忌功妒能的人一定会有的。这些人即使敬惧皇上的法度，不敢乱用权力来捣乱臣的事务，但不免会大发议论，扰乱臣的方略。”崇祯站起身来，倾听他的说话，听了很久，说道：“你提出的方略井井有条，不必谦逊，朕自有主持。”大学士刘鸿训等都奏，请给袁崇焕大权，赐给他尚方宝剑，至于王之臣与满桂的尚方剑则应撤回，以统一事权。崇祯认为对极。应予照办。谈完大事后，赐袁崇焕酒馔。袁崇焕辞出之后，上了一道奏章，提出了关辽军务基本战略的三个原则：“以辽人守辽土，以辽土养辽人”——明代兵制，一方有事，从各方调兵前往。因此守辽的部队来自四面八方，四川、湖广、浙江均有。这些士卒首先对守御关辽不大关心，战斗力既不强，又怕冷，在关外驻守一段短时期，便遣回家乡，另调新兵前来。袁崇焕认为必须用辽兵，他们为了保护家乡，抗敌勇敢，又习于寒冷气候。
训练一支精兵，必须兵将相习，非长期熏陶不为功，不能今天调来，明天又另调一批新兵来替换。他主张在关外筑城屯田，逐步扩大防守地域，既省粮饷，又可不断的收复失地。
“守为正着，战为奇着，和为旁。”——明兵打野战的战斗力不及习于骑射的清兵，这是先天的限制，不易短期内扭转过来，但大炮的威力却非清兵所及。所以要舍己之短，用己所长，守坚城而用大炮，立于不败之地。只有在需要奇兵突出、攻敌不意之时，才和清兵打野战。为了争取时间来训练军队、加强城防，有时还须在适当时机中与敌方议和，这是辅助性的战略。“法在渐不在骤，在实不在虚”——执行上述方策之时，不可求急功近利，必须稳扎稳打，脚踏实地，慢慢的推进。绝对不可冒险轻进，以致给敌人以可乘之机。
这三个基本战略，是他总结了明清之间数次大战役而得出来的结论。明军三次大败，都败于野战，以致全军覆没；宁远两次大捷，都在于守坚城、用大炮。
这基本战略持久的推行下去，就可逐步扭转形势，转守为攻。但他担心两件事。一是皇帝和朝中大臣对他不信任，二是敌人挑拨离间，散布谣言。因此在上任之初，对此特别强调。他声明在先，军队中希奇古怪之事多得很，不可能事事都查究明白。他又自知有一股蛮劲，干事不依常规，要他一切都做得四平八稳，面面俱圆，那可不行。总而言之：“我不顾自己性命，给皇上办成大事就是了，小事情请皇上不必理会罢。”崇祯接到这道奏章，再加奖勉，赐他蟒袍、玉带与银币。袁崇焕领了银币，但以未立功勋，不敢受蟒袍玉带之赐，上疏辞谢了。崇祯这次召见袁崇焕，对他言听计从，信任之专，恩遇之隆，实是罕见。但不幸得很，袁崇焕这奏章中所说的话，一句句无不料中，终于被处极刑。这使我想起文征明的一首词来。他见到宋高宗亲笔写给岳飞的敕书，书中言辞亲切无比，有感而作了一首“满江红”，其中有一句：“慨当初倚飞何重？后来何酷？”崇祯对待袁崇焕，实也令人慨当初倚之何重，后来何酷。其间的分别是，岳飞当时对自己后来的命运完全料想不到，袁崇焕却是早已料到了的。明知将来难免要受到皇帝猜疑，要中敌人的离间之计，却还是要去担任艰危，这番舍身赴难的心情，更令后人深深叹息。
①陈子壮：“曾闻缓带高谈日，黄石兵筹在握奇。”梁国栋：“笑倚戎车克壮猷，关前氛祲仗谁收？忻看化日回春日，再上邢州护锦州。”傅于亮：“天山自昔凭三箭，辽左而今仗一夫。秉钺纷纷论制胜，笑谈尊俎似君无？”邓桢：“冠加荐角峨应甚，赐有龙文许自专（指尚方剑）。借箸独当天下计，折冲随运掌中权。”邝瑞露：“行矣莫忘黄石语，麒麟回首即江湖。”“供帐夜悬南海月，谈锋春落大江潮。”“衣布尚怜天下士，高歌谁是眼中人？”邝瑞露即邝湛若，广东名士，南海人，后助守广州，清兵破城时不屈而死。
②近人叶恭绰题袁崇焕墓有句云：“游仙黄石空余愿”。自注：“袁再起督师，诸友饯别诗多以黄石、赤松为言，疑有所讽，惜袁不悟。”其实不是袁崇焕不悟；张良是功成身退而从赤松子游，袁崇焕根本没有机会“功成”，自然谈不上“身退”。不过以他的热血热肠，即使是功成了，多半还是不肯身退的，势必是鞠躬尽瘁，死而后已。
③对崇祯本应称朱由检、思宗、庄烈帝、怀宗、毅宗，或崇祯皇帝。本文以他年号称呼，是习惯上的通俗方式，有如称清圣祖为康熙、清高宗为乾隆。
④崇祯召见袁崇焕的情形与对话，根据李逊之所著《三朝野记》与文秉所著《烈皇小识》两书，其后周延儒对袁崇焕的中伤，也根据这两书所载。李逊之的父亲李应□是反对魏忠贤而被害死的著名忠臣李忠毅公。文秉是文征明的玄孙，他父亲文震孟在崇祯时任大学士。文震孟最出名的事，是在天启年间上奏，直指皇帝诸事不理，犹如“傀儡登潮，朝政全由魏忠贤摆布。魏忠贤于是叫了一班傀儡戏，到宫中演给熹宗看，熹宗看得大乐。魏忠贤便说：“文震孟说皇上是傀儡登场，那就是这样子了。”熹宗当然大怒，将文震孟在朝廷上打了八十棍。李逊之和文秉二人是名父之子，他们记载朝中大事，应该相当可靠。
⑤《明史·袁崇焕传》中引述他的奏章：“恢复之计，不外臣昔年‘以辽人守辽土，以辽土养辽人；守为正着，战为奇着，和为旁着’之说。法在渐不在骤，在实不在虚。